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赤道に近いため1年中、高温多湿の亜熱帯気候で、1~4月が乾季にあたる。4月が最も暑い。1年を通じて気温の変化があまりないが、1~3月が比較的過ごしやすく観光シーズンとなる。
国土のほとんどが丘陵と山地で、コスタリカとの国境に近いチリキ山脈、タバラ山脈、カリブ海側からコロンビア国境にかけてサン・ブラス山脈などが走っている。国のほぼ中央、地峡が最も狭くなった所にパナマ運河があり、太平洋側のパナマ・シティからカリブ海側の港町コロンまでを結んでいる。国土の約23%が国立公園に指定される自然保護大国でもある。
旅の服装としてはカジュアルな夏服のほか、帽子、日焼け止め、サングラスなどを用意するとよい。ボケテなど高原を訪れる際、夜はかなり冷え込むので長袖が必須。また、長距離バスの冷房はかなり強いので、乗車の際には上に羽織るものを忘れずに。泳いだり、マリンスポーツを楽しみたい人は水着も用意しよう。雨季には雨具が必携だ。